В первые годы своего существования орден состоял из небольшой группы братьев под предводительством магистра или гроссмейстера, и на этом этапе ему не требовалось особой управленческой структуры. Однако по мере роста численности рыцарей и увеличения владений появлялась необходимость организации дочерних обителей как в приграничных районах, так и вдали от них, а поскольку магистр не мог управлять отдаленными монастырями, требовалось создание среднего звена управления. Нужна была и действенная система переправки новых членов и средств из европейских обителей на границы. Орденам, воевавшим на нескольких фронтах, необходимо было назначить военных командующих для каждого региона. Уже существовавшие традиционные организационные монастырские формы не подходили военно-монашеским орденам. Большинство орденов стали практиковать объединение обителей каждого региона в провинции или приорства, управляемые провинциальными магистрами или великими приорами. Все крупные ордена приняли трехступенчатую систему управления, но, конечно, в организации каждого были свои особенности.
В приграничных районах обители часто располагались в замках или крепостях и исполняли военные обязанности, основным же занятием рыцарей-монахов в мирных монастырях было управление имуществом ордена. Большинство насельников обителей было мирянами, хотя в некоторых орденах, например в Сантьяго-ле-Компостела, были отдельные монастыри для духовных лиц, а несколько орденов основывали даже женские монастыри. В последних иногда жило от 40 до 50 сестер, но мужские обители вдалеке от границ обычно были малочисленными. Во главе обителей стояли наставники или командоры, которые не выбирались, а назначались сверху. Они следили за выполнением устава, в приграничных районах командовали рыцарями на поле боя, на них же лежала и ответственность за управление монастырской собственностью, часть доходов с которой они посылали каждый год своим начальникам. У командоров было очень немного подчиненных им чиновников; в своей деятельности они должны были пользоваться советами монастырских капитулов, собиравшихся обычно раз в неделю. Главы провинции тоже назначались центральным руководством ч выполняли примерно те же функции, что и командоры. В орденах тамплиеров и госпитальеров и в Тевтонском ордене главы провинции Западной Европы должны были посылать в центр треть доходов своих территории. У них тоже не было большого чиновнического аппарата, они принимали решения с помощью провинциального капитула, собиравшегося раз в год и состоявшего из монастырских командоров. В центре главных орденов стоял магистр (или гроссмейстер), которому помогали такие лица, как великий командор, верховный маршал, гардеробмейстер, казначей и другие, составлявшие совет. В малых орденах таких должностей не было. Все ордена практиковали периодический созыв общих капитулов, на которые съезжались братья из разных провинций.
Таким образом, должностные лица на всех уровнях управляли совместно с капитулом. На собраниях центрального и провинциальных капитулов платились взносы, отчитывались в делах, делались новые назначения. При этом должностные лица пользовались значительной свободой действий. Не все капитулы собирались достаточно часто, у некоторых даже не было собственных печатей. Но если не было явных злоупотреблений со стороны чиновников, то подчиненные их не трогали. Только в случае длительного и злостного злоупотребления своим положением к ним применялись санкции. Так случилось, например, в 1296 году в ордене госпитальеров, когда центральная обитель вынуждена была применить жесткие санкции к нескольким магистрам за злоупотребления и несправедливости. Возможно, обет послушания мешал подчиненным контролировать должностных лиц, но в то время и в миру на правителей очень редко накладывались какие-либо ограничения.
Однако должностные липа тоже далеко не всегда могли строго следить за всеми действиями своих подчиненных. Магистры крупных военно-монашеских орденов стремились распространить свое влияние на весь западный христианский мир, но для орденов, чьи штаб-квартиры находились в Святой Земле, это было очень нелегко хотя бы из-за их географического положения. Во всех крупных орденах практиковались регулярные официальные посещения орденских отделений, но если провинциальные магистры могли ездить сами, то великие магистры должны были посылать своих представителей. В связи с этим, естественно, возникала тенденция к независимости провинций, особенно если учитывать, что большинство братьев были уроженцами того района, где находилась их обитель, другими словами - всегда существовала опасность того, что местные и родственные связи и интересы перевесят послушание магистру ордена. Н все же, несмотря на то что некоторые провинции иногда и не выполняли полностью своих финансовых обязательств, до 1300 года единственной серьезной попыткой добиться большей самостоятельности было выступление братьев ордена Сантьяго-де-Компостела в Португалии: при помощи португальского короля они смогли ослабить контроль над собой со стороны магистра ордена.
Женские обители и монастыри для духовных лиц имели право выбирать собственных наставников, а братья-миряне в духовных вопросах, естественно, подчинялись своим коллегам-священникам. Однако власть в рыцарских орденах Принадлежала мирянам. Руководители орденов и главы провинции обычно принадлежали к рыцарскому сословию. Рыцари также составляли большую часть членов общих капитулов и, в ордене тамплиеров и Тевтонском ордене, комитетов, выбиравших новых магистров (комитеты состояли из восьми рыцарей, четырех сержантов и одного священника). Рыцари же возглавляли обители в приграничных областях, но в других районах западного христианского мира командорами часто были сержанты, а среди их подчиненных могли быть и рыцари: похоже, что в этих монастырях назначения делались по принципу соответствия занимаемой должности, а не по принадлежности к сословию. Капитулы удаленных от границ обителей тоже состояли главным образом из сержантов. Различные группы внутри орденов не всегда жили мирно, но единственными орденами, в которых разногласия дошли до столкновений, были Сантьяго и Калатрава в Испании (там духовные лица постоянно жаловались на нарушение их прав) и орден госпитальеров (сестры Сихенского монастыря в Арагонском королевстве несколько раз вступали в открытый конфликт с главой провинции).
Военно-монашеские ордена не были абсолютно самостоятельными организациями. И хотя большинство из них было освобождено от уплаты десятины и, таким образом, не подпадало под юрисдикцию епископа, все они находились в подчинении у папского престола, и папы вмешивались в дела орденов, если видели к этому причины. Иногда папы даже пытались влиять на назначение должностных лиц, либо по политическим причинам, либо в тех случаях, когда хотели устроить своего протеже. То же относится и к королям. Военно-монашеские ордена, связанные с другими религиозными организациями, находились под постоянным внешним контролем. Некоторые испанские ордена, в том числе Калатрава, Монтегаудио и Санта-Мария-де-Эспанья, были отделениями ордена цистерцианцев, а ордена Авиш и Алькантара стали филиалами Калатравы. Нам не всегда известны причины такого устройства орденов, хотя в случае Калатравы это может быть объяснено обстоятельствами основания ордена: он был организован после того. как цистерцианскнй аббат из Фитеро в 1158 году (взял на себя обязательство защищать замок Калатраву (задача, с (которой не справились тамплиеры). Отношения ордена Калатравы с орденом цистерцианцев складывались так же, как и между различными цистерцианскими монастырями, то есть глава центральной обители имел право инспекции и право голоса в выборе магистров.
Однако большинство военно-монашеских орденов теоретически подчинялись только папе.