Несмотря на то что в Х11-Х111 веках поток желающих вступить в главные ордена и пожертвования в эти организация не прекращались, отношение к военно-монашеским орденам было неоднозначным. Сомнения, высказывавшиеся при их основании, не только никуда не исчезли, но к ним еще добавились и обвинения. Ордена обвиняли в гордыне и алчности. То, как используют ордена поступающие к ним средства, стало предметом пристальною внимания. Некоторые уверяли, что братья живут в роскоши и в праздности и все пожертвования уходят на поддержание такого образа жизни. Из этого вытекало и следующее обвинение, а именно - что ордена не держат на границах, особенно в Святой Земле, необходимое число рыцарей. Среди этих обвинителей был и Матвей Парижский, хронист из Сент-Олбанса (см. его «Chronica majora»). Рыцарей-монахов, находившихся в приграничных районах, упрекали в применении силы к единоверцам. Особенно часто подобные упреки были направлены в адрес Тевтонского ордена, развернувшего свою деятельность в Прибалтике; Указывалось также, что тамплиеры и госпитальеры обращали оружие друг против друга из-за якобы существующей между ними непримиримой вражды, которая, как говорили, могла сыграть злую шутку с христианами в их борьбе против «неверных». Критики опасались, что независимость орденов может помешать эффективной борьбе с мусульманами на Востоке, к тому же некоторые из них обвиняли ордена в нерешительности. Когда, к примеру, тамплиеры и госпитальеры высказывались против нападения на Иерусалим во время третьего крестового похода, они подверглись яростной критике со стороны французских крестоносцев. Членов орденов подозревали даже в симпатиях к мусульманам. С другой стороны, в 1260-х годах английский монах-францисканец Роджер Бэкон обвинил их в том, что они вообще берут в руки оружие. Он считал, что военные действия орденов только мешают обращению «неверных» в христианство. Это мнение не было популярным, однако меченосцев и членов Тевтонского ордена время от времени упрекали в том, что они не занимались миссионерством и проводили политику, лишь мешавшую обращению язычников.
Такие упреки и обвинения необходимо рассматривать в общем контексте. Всем религиозным орденам в той или иной степени пришлось столкнуться с клеветой. К тому же случалось, что критиковавшие военно-монашеские ордена их же потом и защищали. Например, папы не раз выдвигали против них различные обвинения, но они же их и поддерживали. Некоторые же критики были очевидно пристрастны. Светское духовенство начало терять доходы и авторитет после того, как папство одарило привилегиями рыцарские ордена, к же в XIII веке эти священники должны были еще и постоянно вносить крестоносные сборы на помощь Святой Земле. В Прибалтике на Тевтонский орден нападали его соперники. Многие критики военно-монашеских орденов были плохо информированы об их деятельности и не имели личных контактов с его членами, так что они просто повторяли обвинения с чужих слов - недоброжелатели преувеличивали богатство орденов и заявляли, что военно-монашеские ордена обладают достаточными средствами, чтобы полностью финансировать защиту Святой Земли. Однако перепись имущества тамплиеров во время суда над ними не создает картины большого достатка. Слухи о соперничестве орденов также были сильно преувеличены. Упреки в терпимости к «неверным» в Святой Земле были вызваны незнанием тамошней ситуации и отсутствием достоверной информации. Новоприбывающие крестоносцы часто не понимали политической ситуации на Востоке и долгосрочных интересов латинских поселенцев. Они хотели только бороться с «неверными» и рвались в бой, не задумываясь о будущем.
И все же не все обвинения были необоснованными. Временами ордена действительно злоупотребляли своими привилегиями и обращали оружие против братьев-христиан не только в целях самозащиты. Действия Тевтонского ордена, отстаивавшего свою независимость сначала в Венгрии, а потом Пруссии, свидетельствуют о том, что орден был занят не только борьбой с язычниками.
К концу XIII века многие полагали, что военно-монашеские ордена нуждаются в проведении глубоких внутренних реформ. Церковные власти и авторы трактатов о крестоносном движении уделяли этой идее много внимания. Некоторые предлагали ограничить самостоятельность военно-монашеских орденов в восточном Средиземноморье, другие же - и их было большинство - выступали за объединение некоторых или всех рыцарских орденов для того, чтобы покончить с соперничеством между ними. Находились и такие, которые предлагали конфисковать имущество орденов и использовать его другими способами на нужды крестоносного движения.
Однако предложенные реформы проведены не были. Перемены произошли с возникновением новых обстоятельств в приграничных районах. В Испании в середине XIII века Реконкиста приостановилась, и изменения в рыцарских орденах протекали спокойно и постепенно. Для испанских военно-монашеских орденов борьба с маврами отошла на второе место, главным же занятием стало участие в конфликтах между христианами. Испанские правители рассчитывали на помощь орденов в борьбе со своими противниками, что и произошло в 1285 1 оду при вторжении в Арагон французов; ордена также участвовали и в многочисленных междоусобицах в Кастилии.
В 1291 году Латинское королевство перестало существовать, однако никто тогда не поверил в окончательную потерю Святых Мест. Тамплиеры, госпитальеры и орден св. Фомы Акрского переехали на Кипр, находившийся на расстоянии 100 миль от сирийского берега, и в течение нескольких лет отправляли военные экспедиции против мусульман. Известно, что тамплиеры и госпитальеры совместно обсуждали планы возвращения Святой Земли. Однако обстоятельства не дали этим планам осуществиться. Вместо этого госпитальеры в первом десятилетии XIII века завоевали остров Родос, к юго-западу от побережья Малой Азии. Примерно в это же время орден св. Лазаря перенес свою штаб-квартиру в Париж, где орден не играл уже никакой военной роли, а центральный монастырь Тевтонского ордена переместился в Венецию, а оттуда - в 1309 году - в Мариенбург в Пруссии, и с этого времени тевтонские рыцари целиком посвятили себя интересам этого региона.