Ежели Великий Магистр был так опасно болен, что уже ни малейшей не обреталось к его выздоровлению надежды, то кавалеры, осмотрев орденскую печать и все драгоценные вещи, отдавали их на сбережение его сенешалю. По кончине погребали его со всеми приличными достоинству его почестями и избирали наместника магистерства, который вообще с Советом управлял орденом. Тот же день назначали трех из различных наций кавалеров для исследования, кто именно, и сколько из кавалеров, имевших в избрании Великого Магистра голос, должен ордену, и всем, могущим иметь в выборе сем участие, делали роспись, которую прибивали у дверей церкви святого Иоанна, равно и о тех, кои по каким-либо обстоятельствам лишались онаго.
Дабы иметь в выборе Великого Магистра голос, надлежало быть юстицким кавалером, иметь от роду 18 лет, прожить 3 года на Мальте, сделать в море против неверных 4 каравана и не быть более 10 ефимков должным орденскому казначейству.
На другой день по кончине приступали к избранию ему преемника. По данному колоколом сигналу собирался ординарный совет и весь капитул в церковь святого Иоанна, яко место, назначенное для столь важного избрания. Во время сего действия запирали церковь и городские врата и ни одному кавалеру не позволялось быть вооруженным.
Шестнадцать избирателей (из каждого языка избрано было по 2 брата), исповедовавшись и отслужив Божественную литургию, приобщались Святых тайн. Потом чинили пред Алтарем присягу в том, что они изберут на степень сию достойного и добродетелями преисполненного мужа, отходили в конклав и, запершись в оном, рассуждали беспристрастно о достоинствах каждого кандидата. Написав имена удостаиваемых, прилепляли оные к отверстиям ящика, и начинали баллотирование и большинство шаров утверждало Великого Магистра.
Таким образом избиратели окончив сие, выходили из конклава в Собрание и один из избирательных кавалеров, имея по правую сторону капеллана, а по левую сервардарма, подошед к Собранию, спрашивал: признают ли они избранного ими за главу Ордена? И когда все Собрание изъявляло на то свое согласие, то кавалер избиратель провозглашал торжественно имя избранного в великие Магистры.
Новоизбранный занимал тогда магистерское место под балдахином и по облачении в драгоценное одеяние пред алтарем при настоятеле церкви святого Иоанна, положа руку на книгу Орденских законов, чинил торжественную присягу.
По окончании сей церемонии все находившиеся при сем кавалеры по достоинствам и старшинству подходили к нему и поздравляли его с избранием, целовали у него руку с коленопреклонением.
Ежели избранный в Великие Магистры не был на острове, то отправлялся к нему от имени всего ордена с извещениями и поздравлением нарочный, а до прибытия его, большинством голосов избирался наместник магистерства.
Великий Магистр был главный в ордене начальник. Он имел право назначать себе лейтенанта и сенешаля, давать чины, определять к должностям некоторым сам собою, а прочих с согласия Совета и раздавать командорства милости. 150 человек составляли его гвардию, сверх сего имел особенный при дворе своем штат. Титул Великого Магистра был «Преимущественнейший», некоторые называли его «Высокопреподобнейшим», а подданные ордену – «Светлостью», сам же именовался: «Гостиницы святого Иоанна Иерусалимского Смиренный Магистр и Страж нищих Господа нашего Иисуса Христа».
На содержание двора, стола и всего придворного штата определялись ему, как владетелю острова все с него доходы. Сверх сего получал он доходы со своего магистрального и часть с одного в каждом приорстве командорства милости, которые он раздавал, и из всех получаемых от неприятелей добыч отделялась ему десятая часть. По смерти Великого Магистра преемник его не мог ничего получать из имения своего предшественника, кроме серебряной посуды весом до 600 марков; ибо оставшееся брали в орденское казначейство. Великий Магистр имел также право бить разного веса монету, которая употреблялась на острове. На одной стороне изображалась глава Иоанна Крестителя, на другой – герб и имя Великого Магистра с надписью: «non als, fed fides» – «не деньги, но вера».