Великий Магистр, хотя и главный в Ордене начальник, не мог однако ж ничего предпринимать без Генерального Капитула или Орденского совета. В древние времена Капитул собирался чрез каждые 5 лет, но в последствии времени через 10 и 100 лет. В Капитуле присутствовали Великий Магистр, приоры и бальи по старшинству. По отправлении литургии Святому Духу, исповедовавшись и приобщась Святых Тайн, чинили все торжественную присягу в том, что они поступать будут и судить о делах без всякого пристрастия. После сего каждый язык отделялся в церкви святого Иоанна в свой придел и избирал из заседавших двух опытных человек, что составляло из восьми языков шестнадцать особ. Сии избранные давали пред Великим Магистром и Капитулом присягу в том, что они беспристрастно учреждать и постановлять будут все касающееся до пользы Ордена; а Капитул, вручив им полную власть, обещался принять свято все их постановления.
В Ордене находились четыре совета – ординарный, полный, тайный и уголовный.
1. В ординарном совете присутствовали Великий Магистр, его лейтенант, мальтийский епископ, настоятель церкви святого Иоанна, восемь конвентуальных бальи или их лейтенанты, провинциальные приоры и капитулярные бальи, находившиеся на острове Мальте, орденский казначей или его лейтенант и сенешаль Великого Магистра, но еще два последние не имели решительных голосов. Совет сей утверждал принимание в кавалеры, распределял раздачею командорств и пенсионов и решал прочие важнейшие дела.
2. Полный совет ничем не отличался от ординарного в чиновниках его, кроме, что здесь в числе сочленов находились два старшие кавалеры из каждого языка и вице-канцлер, который присутствовал также и в ординарном совете. В полный совет поступали на рассмотрение дела, решенные в ординарном и уголовном совете.
3. В тайном совете рассматривались дела политические, требовавшие скорого решения.
4. В уголовном совете производились дела уголовные о преступлениях кавалеров и прочих чинов ордена и о лишении одежд.
Великий Магистр или его лейтенант непременно должен был присутствовать как в первых двух, так и последних советах. Он предлагал совету существо дела и имел два голоса, в случае же равенства оных, своим голосом утверждал решение.